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Quando l’OMS ha dichiarato la Covid-19 pandemia globale, un progetto di ricerca finanziato dall’UE ha preso in mano la situazione. BioExcel, tra i principali centri europei di ricerca biomolecolare computazionale, ha dato accesso prioritario alle sue strutture di supercalcolo e ai suoi software program all’avanguardia. Ciò aiuterà i ricercatori e gli innovatori di tutta Europa nella lotta al coronavirus.


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L’attuale pandemia da Covid-19 sta avendo un effetto devastante sulla società. Per superarla, le comunità di ricerca devono intraprendere azioni coordinate e condividere sforzi, competenze e tecnologie. Ciò è particolarmente importante poiché l’Europa lavora allo sviluppo di potenziali trattamenti e vaccini for every la malattia.

«Sia il settore pubblico che quello privato stanno compiendo enormi sforzi concertati for every affrontare questa crisi», afferma Rossen Apostolov, direttore esecutivo di BioExcel. «Non vi è dubbio che la scoperta di un vaccino e di una cura sarà di fondamentale importanza for every controllare a lungo termine la diffusione del SARS-Cov-2, nonché i patogeni correlati».

Essendo tra i principali centri europei for every la ricerca biomolecolare computazionale, BioExcel sviluppa applicazioni software program all’avanguardia e fornisce supporto esperto nelle aree della modellizzazione integrativa biomolecolare, delle simulazioni di dinamica molecolare, dei calcoli dell’energia libera e del docking. Tale competenza e la suite di applicazioni uniche rendono il centro ben posizionato for every rispondere rapidamente a una pandemia globale.

Quando si è manifestata la crisi da Covid-19, BioExcel ha immediatamente lanciato una serie di iniziative di ricerca sul SARS-CoV-2. In particolare, sono point out avviate numerose collaborazioni, è stato ampliato il supporto degli utenti ed è stato fornito l’accesso prioritario alle strutture di supercalcolo del centro. «La collaborazione internazionale è fondamentale for every affrontare questa grande sfida», aggiunge Apostolov. «Se vogliamo avere successo, dobbiamo riunire la comunità di ricerca internazionale.»

BioExcel partecipa a numerosi progetti a sostegno della ricerca sulla Covid-19, alcuni dei quali segnalati di seguito.

Approfondire la comprensione tramite simulazioni

HADDOCK, una delle principali applicazioni software program di BioExcel, è uno strumento essenziale sviluppato dall’Università di Utrecht e utilizzato da oltre seventeen 000 ricercatori in tutto il mondo. Permette agli scienziati di studiare le complesse interazioni tra il virus e le proteine umane e di prevedere arrive le piccole molecole prendono di mira le proteinefondamentali del virus.

«Queste simulazioni sono essenziali for every comprendere, advertisement esempio, arrive bloccare la proteasi del SARS-CoV-2, l’enzima responsabile della scomposizione della catena polipeptidica virale espressa in unità funzionali», spiega Alexandre Bonvin, lo sviluppatore principale di HADDOCK.

Utilizzando le risorse di elaborazione advertisement alto rendimento disponibili tramite la piattaforma European Open Science Cloud, il staff di HADDOCK ha esaminato oltre 2 000 farmaci accettati contro la proteasi del SARS-CoV-2 in soli tre giorni. «La nostra speranza è individuare potenti inibitori», aggiunge Bonvin. «I risultati iniziali hanno rivelato composti interessanti, alcuni dei quali sono già in fase di sperimentazione clinica, e quindi supportano la validità del metodo di screening».

L’enzima RdRp arrive bersaglio farmacologico ideale

Prima che i vaccini diventino disponibili, è possibile utilizzare farmaci antivirali for every arrestare la replicazione del virus, ridurre al minimo gli effetti sulla salute e limitare la diffusione del virus. I coronavirus si basano su uno specifico RNA polimerasi RNA-dipendente (RdRp), un enzima che costruisce lunghe catene di acidi nucleici for every replicare il loro genoma dell’RNA virale. Poiché all’uomo mancano tali proteine, l’enzima RdRp è un bersaglio farmacologico ideale.

Sfortunatamente, advertisement oggi, sono pochi i farmaci antivirali sviluppati contro altri coronavirus, tra cui Remdesivir, Favipiravir e EIDD-2801. A causa della natura del SARS-CoV-2, tuttavia, questi farmaci potrebbero non essere efficaci. Ecco perché HADDOCK ha eseguito una seconda proiezione contro il RdRp. «I cocktail di farmaci approvati che agiscono contro più proteine virali potrebbero offrire una soluzione appetibile a breve termine for every combattere il virus nell’attesa di un vaccino efficace», afferma Bonvin.

Il ruolo dei supercomputer

BioExcel sta inoltre sviluppando e supportando alcuni degli strumenti più popolari che i gruppi di ricerca stanno utilizzando for every simulare le proteinesui supercomputer. «I supercomputer offrono nuove possibilità for every comprendere arrive il SARS-CoV-2 si leghi e infetti la cellula, il che ci aiuta a individuare i candidati antivirali che potrebbero impedire questo processo», afferma Erik Lindahl, direttore scientifico di BioExcel. «Le nostre applicazioni, arrive GROMACS, ci consentono di utilizzare contemporaneamente centinaia di migliaia di processori informatici for every simulazioni estremamente veloci di sistemi biologici».

Ad esempio, associate del Max-Planck Institute tedesco, dell’Istituto di ricerca biomedica e del KTH Royal Institute of Engineering svedese stanno utilizzando simulazioni con supercomputer for every ottenere le intuizioni strutturali mancanti necessarie for every comprendere le modalità di azione di un farmaco, prevedere gli effetti delle modifiche chimiche e progettare inibitori migliori.

«Solo attraverso sforzi coordinati e strette collaborazioni tra università e industria saremo in grado di superare le pandemie arrive quella da Covid-19», aggiunge Lindahl. «Centri arrive BioExcel svolgono un ruolo vitale nel facilitare questa collaborazione e sviluppare le competenze di cui abbiamo bisogno for every avere successo». Il lavoro del progetto BioExcel prosegue anche in un progetto di adhere to-up, BioExcel-2, che dovrebbe durare fino al dicembre 2021.